Covid 19. Dinámica de Trasmisión. Síntomas e Infectividad.

• Viral emissions into the air and environment after SARS-CoV-2 human challenge: a phase 1, open label, first-in-human study. Emisiones virales al aire y al medio ambiente después del desafío humano del SARS-CoV-2: un estudio de fase 1, primero en humanos.
  viral_emissions_into_the_air_and_environment_after_sars-cov-2_human_challenge.pdf
  

Esta investigación encontró que la gran mayoría de las personas infectadas que no presentan síntomas, es decir en la fase asintomática, no emiten virus al ambiente, no teniendo por lo tanto capacidad de infectar a otras personas. Argumentos contra la política de medidas de distanciamiento social y restricción de contactos indiscriminadas adoptadas en la gestión de la Pandemia. Medidas como las mascarillas obligatorias en sanos, la cuarentena de contactos sin síntomas, cierre de escuelas, etc. Se trata de un estudio controlado en el que se sigue a sujetos que han sido infectados intencionalmente, sujetos a los que se les somete a una serie de pruebas durante un seguimiento de al menos 14 días, para determinar la presencia de pruebas en las mascarillas que portaban, sus manos y en el aire y las superficies de las estancias donde estaban estos sujetos. Encuentran que solo el 7% de las emisiones de virus en el aire y ambiente donde se encontraban los infectados ocurren antes de que aparezca los primeros síntomas . Leer mas... Este estudio también respalda la idea de que hay personas superpropagadoras. Estos presentan síntomas pero no graves sino que personas con síntomas leves pueden emitir gran cantidad de virus. Otro hallazgo de este interesante investigación es que la carga viral no se correlaciona de forma consistente con la cantidad de virus que exhalan cuando aquella ha sido considerado un indicador de ésta. Una de las limitaciones, ademas de la muestra limitada (18 de 36 que se infectan durante los procedimientos destinados a hacerlo) y el contexto controlado en el que se realiza, es que se identifica las personas que emiten el virus, pero eso no significa que sea equivalente a la capacidad de infectar a otros individuos, podría ser por ejemplo que se trate de cantidades insuficientes para contagiar.  .
https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(23)00101-5/fulltext

* Covid 19. Dinámica de Trasmisión. Papel de los asintomáticos.
* La trasmisión de asintomáticos ¿Un mito?. Strand-Specific Reverse Transcription PCR for Detection of Replicating SARS-CoV-2. PCR de transcripción inversa de filamento para la detección de la replicación de SARS-CoV – 2. .

strand-specific_reverse_transcription_pcr_for_detection_of_replicating_sars-cov-2.pdf

El 95% de los asintomaticos con PCR + no trasmitían el virus antes de la aparición de Omicron. La idea de que el SARS-Cov 2 se propagaba en la comunidad debido a la alta infectividad de los asintomáticos, que algunos estudios situaban como responsables de mas del 40% de todos los contagios , sirvió de justificación para restricciones indiscriminadas y otras como el aislamiento de sanos. El hecho reconocido de que un positivo en una PCR, sobre godo si está se producía al alcanzar un número elevado de ciclos, no implicaba estar infectado y menos aún trasmitir el virus, se reconoció desde los primero momentos. Pero en ningún momento se intentó cuantificar esa circunstancia a pesar de que había un test factible para ello desde mayo de 2020 y no se requería un procedimiento tan complejo como el cultivo del virus https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/2/20-4168_article . Este test se dejó de lado por las autoridades porque amenazaba su relato tremendista. Ahora los autores han publicado un estudio que permite afirmar que los asintomáticos eran muy poco transmisores del SARS-Cov 2 de hecho hasta Omicron solamente el 4% de los pacientes con un PCR+ que no presentaban síntomas poseían capacidad infecciosa.

• Duration of Shedding of Culturable Virus in SARS-CoV-2 Omicron (BA.1) Infection. Duración de la eliminación de virus cultivables en la infección por la variante Omicron (BA.1) \\duration_of_shedding_of_culturable_virus_in_sars-cov-2_omicron_ba.1_infection.pdf

Estudio cohorte longitudinal que investiga y compara la cinética viral (presencia del virus activo y carga viral en la infección por as variantes Delta y Omicrón del SARS-COV 2. Se seleccionaron 66 pacientes con Covid sintomático salvo un asintomático (síntomas moderados) tanto vacunadas como no vacunadas Se realizaron muestreo longitudinal de hisopos nasales y se determinó la carga viral, la secuenciación y el cultivo viral. No hay diferencias en el tiempo de negativización de la PCR o del cultivo de acuerdo con el estatus vacunal. Tampoco se encontraron diferencias en la mediana de la eliminación de virus cultivable entre pacientes vacunados y no vacunados, ni entre comentario vacunados con refuerzo y sin dosis de refuerzo. Comentario KS.. Leer mas... Otro estudio que apoya la idea de que no existen diferencias significativas en unas variables que presumiblemente están directamente relacionadas con la capacidad de trasmisión de vacunados y no vacunados incluso tras el refuerzo. La muestra es demasiado pequeña para valorar el hecho de que un subgrupo de vacunados mantiene la secreción de virus viables más tiempo que ningún no vacunado.
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2202092

* Covid 19 Transmisión- Diagnóstico e Infectividad. PCR.

• Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples. Predicción del SARS-CoV-2 infeccioso a partir de muestras diagnósticas. .predicting_infectious_sars-cov-2_from_diagnostic_samples.pdf
  

La RT-PCR fue hasta la generalización de las pruebas antagónicas el principal método para diagnosticar el SARS-CoV-2. , utilizándose un umbral de ciclos variable pero que durante un largo periodo se situó en torno a los 35 para considerar la prueba positiva. Una positividad que conllevaba al aislamiento para evitar la transmisión a otras personas. Esta investigación indica que la infectividad de los individuos cuya prueba se situaba por encima de 24 ciclos era muy improbable asimismo la duración del periodo de potencial infectividad resultaba mucho menor del que se adopto como guía para las medidas de separación física.Leer mas... El problema es que La RT-PCR detecta ARN, no virus infecciosos, por lo que su capacidad para determinar la duración de la infectividad de los pacientes es limitada. La infectividad es un determinante crítico para decidir las directrices/intervenciones de salud pública. El objetivo de este estudio fue determinar la relación entre los valores del umbral del ciclo de RT-PCR (Ct) del SARS-CoV-2 de muestras respiratorias, el inicio de los síntomas hasta la prueba (STT) y la infectividad en cultivos celulares. Se incubaron noventa muestras positivas para el SARS-CoV-2 de RT-PCR EN CÉLULAS Vero. No hubo crecimiento en las muestras con un Ct > 24 o STT > 8 días- Las muestras positivas presentaban un numero de ciclos significativamente menor (17 [16-18])que las muestras negativas 27 [22-33]. .

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7314198/

• A Hierarchical Framework for Assessing Transmission Causality of Respiratory Viruses Un marco jerarquizado para evaluar la trasmisión causal de los virus respiratorios
  a_hierarchical_framework_for_assessing_transmission_causality_of_respiratory_viruses.pdf
  

Establecer como, cuando y donde se trasmitía el SARS-COV-2 era una tarea clave durante la Pandemia y se llevaron a cabo multitud de trabajos que pretendían responder a esas preguntas. Este artículo, que constituyen una revisión de esos 591 estudios, encuentra que estos sufren graves limitaciones como que ninguno de ellos lleva a cabo cultivos virales seriados. Determinar la trasmisión de un virus necesita previamente comprobar que el presunto trasmisor está infectado y es capaz de trasmitirlo y cuando la trasmisión ha ocurrido es necesario que se demuestre que el contagiado también está infectado. Leer mas... Todo ello lleva a los autores de este trabajo a llevar a cabo una revisión sobre los requisitos para considerar que un virus causa de una enfermedad, y excluir que por ejemplo solo sea una presencia incidental. Esto le lleva a proponer una jerarquía de los procedimientos que aportan evidencia sobre la causalidad en las infecciones virales respiratorias y analiza la información que proporciona cada uno de ellos. Señala por ejemplo que el resultado expresado de forma binaria (positivo /negativo) de un PCR aisladamente no supone considerar que una persona está con una infección activa. Un PCR cuantitativo que es positivo con un numero de ciclos bajo es más probable que indique que alguien está infectado y es capaz de trasmitirlo aunque no proporciona la certeza indiscutible. En suma este repaso y jerarquización de procedimientos de investigación sirve para ridiculizar las posturas que niegan que el SARS-CoV-2 sea responsable de la Covid -19 por que no se cumplen los desactualizados postulados de Koch. </fs>
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9332164/

• Covid 19. Dinámica de transmisión. Transmisión Asintomáticos
  

Analysis of Asymptomatic and Presymptomatic Transmission in SARS-CoV-2 Outbreak, Germany, 2020. Análisis de Transmisión Asintomática y Presintomática en brote de SARS-CoV-2, Alemania, 2020. analysis_of_asymptomatic_and_presymptomatic_transmission_germany.pdf

Trabajo que estudia un cluster de casos originados a partir de un caso indice en las primeras semanas de la Pandemia, un momento en el que la trasmisión comunitaria en la zona del estudio era escasa. El principal hallazgo es que no se encuentran casos de trasmisión por asintomáticos mientras que la trasmisión por presintomáticos es más frecuente que la de los sintomáticos. Leer mas... studio retrospectivo que incluyen todos los contactos en domicilio y fuera de él (144) que los 59 casos identificados a partir de un caso inicial recuerdan. Estos incluyen casos sintomaticos y personas que siendo positivas a la PCR no desarrollan síntomas en ningún momento. Se determina el porcentaje de ataque secundario a partir de estos 59 pacientes asintomáticos y sintomáticos tanto en el periodo previo al desarrollo de sintomás como cuando estos han aparecido. .

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8007320/

• 1_sars-cov-2_transmission_dynamics_should_inform_policy.pdf
  Se argumenta que la dinámica de transmisión del SARS-CoV-2 debería guiar las decisiones políticas sobre las estrategias de mitigación de la enfermedad para intervenciones puntuales según las necesidades de la sociedad, dirigiendo la atención a los entornos, actividades y factores socioeconómicos asociados con los mayores riesgos de transmisión.
  https://ssrn.com/abstract=3692807
  

• asymptomatic_transmission_of_covid-19_bmj.pdf
  Transmisión de Covid-19 por asintomáticos, que conocemos y que no
  https://www.bmj.com/content/371/bmj.m4851
  

• clustering_and_superspreading_potential_of.pdf
  Los eventos de superpropagación (SSE) han caracterizado epidemias de infecciones por coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV) y coronavirus del síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV)1–6. Para el SARS-CoV-2, el grado en que los SSE están involucrados en la transmisión sigue sin estar claro, pero existe una creciente evidencia de que los SSE podrían ser una característica típica de COVID-197,8.leer más... Uso de datos de rastreo de contactos de 1038 casos de SARS-CoV-2 confirmados entre el 23 de enero y el 28 de abril de 2020. En Hong Kong, identificamos y caracterizamos todos los grupos locales de infección. Identificamos 4–7 SSE en 51 grupos (n= 309 casos) y estimamos que el 19 % (95 % intervalo de confianza, 15–24 %) de los casos generó el 80 % de toda la transmisión local. La transmisión en entornos sociales se asoció con más casos secundarios que en los hogares al controlar por edad (P= 0,002). La disminución de la demora entre el inicio de los síntomas y la confirmación del caso no resultó en menos casos secundarios (P =  0,98), aunque las probabilidades de que una persona en cuarentena como contacto interrumpiera la transmisión fue de 14,4 (IC 95 %, 1,9–107,2). Las autoridades de salud pública deben centrarse en rastrear y poner en cuarentena rápidamente a los contactos, además de implementar restricciones dirigidas a los entornos sociales para reducir el riesgo de SSE y suprimir la transmisión del SARS-CoV-2.
  https://www.nature.com/articles/s41591-020-1092-0
  

• community_transmission_and_viral_load_kinetics_of_the_sars.pdf
  Transmisión comunitaria y cinética de la carga viral de la variante SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) en vacunados e individuos no vacunados en el Reino Unido: un estudio prospectivo, de cohorte longitudinal
  https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00648-4/fulltext
  

• covtrends_1_wittonski_dinamica_trasmision.pdf
  Los primeros tres meses de la epidemia de COVID-19: evidencia epidemiológica de la propagación de dos cepas separadas del virus SARSCoV-2 e implicaciones para las estrategias de prevención. Dos epidemias de COVID-19
  https://www.researchgate.net/publication/340325643_The_first_three_months_of_the_COVID-19_epidemic_Epidemiological_evidence_for_two_separate_strains_of_SARS-CoV-2_viruses_spreading_and_implications_for_prevention_strategies
  

• high_sars_cov_2_attack_rate_following_exposure_at_a_choir_practice.pdf
  Alta tasa de contagio de SARS-CoV-2 después de exponerse los miembros de un coro en un ensayo: Condado de Skagit, Washington, marzo de 2020
  https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6919e6.htm
  

• household_transmission_of_sars-cov-2.pdf
  Transmisión doméstica de SARS-CoV-2 Una revisión sistemática y metaanálisis
  https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2774102?utm_campaign=articlePDF&utm_medium=articlePDFlink&utm_source=articlePDF&utm_content=jamanetworkopen.2020.31756
  

• hydrating_the_respiratory_tract_covid_19_estacionalidad.pdf
  Hidratación de las vías respiratorias: una explicación alternativa de por qué enmascara una menor gravedad de la COVID-19
  https://www.cell.com/biophysj/fulltext/S0006-3495(21)00116-8
  

• it_is_time_to_address_airborne_transmission_of_covid.pdf
  Es hora de abordar la transmisión aérea de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19)
  https://academic.oup.com/cid/article/71/9/2311/5867798
  

• on_the_epidemiology_of_influenza.pdf
  La epidemiología de la gripe abunda en incongruencias, incongruencias detalladas exhaustivamente por el difunto epidemiólogo británico Edgar Hope-Simpson. Este fue el primero en proponer Leer más... una endeble teoría que explica por qué la influenza, como dijo Gregg, “aparentemente no tiene en cuenta los patrones tradicionales de comportamiento de las enfermedades infecciosas”. Descubrimientos recientes indican que la vitamina D aumenta los antibióticos endógenos de la inmunidad innata y sugieren que las incongruencias exploradas por Hope-Simpson pueden ser secundarias a la epidemiología de la deficiencia de vitamina D. Identificamos, e intentamos explicar, nueve acertijos sobre la influenza: (1) ¿Por qué la influenza es estacional y omnipresente y dónde está el virus entre epidemias? (2) ¿Por qué las epidemias son tan explosivas? (3) ¿Por qué terminan tan abruptamente? (4) ¿Qué explica la frecuencia coincidente de las epidemias en países de latitud similar? (5) ¿Por qué el intervalo serial es oscuro? (6) ¿Por qué la tasa de ataque secundario es tan baja? (7) ¿Por qué las epidemias en épocas anteriores se extendieron tan rápidamente, a pesar de la falta de transporte moderno? (8) ¿Por qué la inoculación experimental de seres humanos seronegativos no provoca la enfermedad en todos los voluntarios? (9) ¿Por qué la mortalidad por influenza de los ancianos no disminuyó a medida que aumentaron sus tasas de vacunación? Revisamos descubrimientos recientes sobre los efectos de la vitamina D en la inmunidad innata, estudios en humanos que intentan la transmisión de enfermos a sanos, informes naturalistas de transmisión humana, estudios de intervalos en serie, tasas de ataque secundario y estudios relevantes en animales. Nuestra hipótesis es que dos factores explican los nueve enigmas: los efectos estacionales y poblacionales de la vitamina D sobre la inmunidad innata y la presencia de una subpoblación de “buenos infectantes”. Si es cierto, nuestra revisión de la teoría de Edgar Hope-Simpson tiene profundas implicaciones para la prevención de la influenza.
  https://virologyj.biomedcentral.com/articles/10.1186/1743-422X-5-29
  

• sars-cov-2_and_the_role_of_airborne_transmission.pdf
  La transmisión aérea es la propagación de un agente infeccioso causada por la diseminación de núcleos de gotitas (aerosoles) que permanecen infecciosos cuando están suspendidos en el aire. En este artículo se lleva a cabo una revisión sistemática para identificar, evaluar y resumir la evidencia de los estudios sobre el papel de la transmisión aérea del SARS-CoV-2.
  https://f1000research.com/articles/10-232/v2
  

• sars-cov-2_transmission_without_symptoms.pdf
  Transmisión del SARS-CoV-2 sin síntomas. La transmisión asintomática impulsa silenciosamente la propagación viral y es clave para poner fin a la pandemia.
  https://www.science.org/doi/10.1126/science.abf9569
  

• spatial_variation_in_the_basic_reproduction_number.pdf
  Las estimaciones del número de reproducción básico (R0) de COVID-19 varían según los países. Este documento tiene como objetivo caracterizar la variabilidad espacial en R0 durante los primeros seis meses del brote global de COVID19 y explorar los factores sociales que afectan las estimaciones de R0 a nivel nacional y regional.
  https://arxiv.org/abs/2012.06301#
  

• stochasticity_and_heterogeneity_in_the_transmission.pdf
  Estocasticidad y heterogeneidad en la dinámica de transmisión del SARS-CoV-2. El SARS-CoV-2 que causa la enfermedad COVID-19 se ha movido rápidamente por todo el mundo, infectando a leer más... millones y matando a cientos de miles. El número de reproducción básico, que ha sido ampliamente utilizado y mal utilizado para caracterizar la transmisibilidad del virus, oculta el hecho de que la transmisión es estocástica, está dominada por un pequeño número de individuos y está impulsada por eventos de superpropagación (SSE). No deben pasarse por alto las distintas características de transmisión, como la alta estocasticidad con baja prevalencia y el papel central que desempeñan las SSE en la dinámica de transmisión. Se han producido muchos SSE explosivos en entornos cerrados que avivaron la pandemia y dieron forma a su propagación, como centros de atención a largo plazo, prisiones, plantas empacadoras de carne, fábricas de pescado, cruceros, reuniones familiares, fiestas y clubes nocturnos. Estos SSE demuestran la necesidad urgente de comprender las rutas de transmisión, al tiempo que brindan la oportunidad de contener el brote de manera efectiva con intervenciones específicas para eliminar los SSE. Aquí, describimos los posibles tipos de SSE, cómo influyen en la transmisión y brindamos recomendaciones para el control del SARS-CoV-2.
  https://arxiv.org/abs/2005.13689
  

• superspreading_in_early_transmissions_of_covid-19.pdf
  Superpropagación en transmisiones tempranas de COVID-19 en Indonesia. Estimamos el número básico de reproducción R0 y el parámetro de sobredispersión K en dos regiones de Indonesia: JakartaDepok y Batam. Según los primeros 1288 casos confirmados en ambas regiones, encontramos un alto grado de variación a nivel individual en la transmisión. El número básico de reproducción R0 se estima en 6,79 y 2,47, mientras que el parámetro de sobredispersión K de una distribución binomial negativa se estima en 0,06 y 0,2 para Yakarta-Depok y Batam, respectivamente. Esto sugiere que los eventos de superpropagación jugaron un papel clave en la etapa inicial del brote, es decir, una pequeña cantidad de personas infectadas son responsables de grandes cantidades de transmisión de COVID-19.
  https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.28.20142133v2
  

• this_overlooked_variable_is_the_key_to_the_pandemic_k.pdf
  La variable pasada por alto que está impulsando la pandemia
  https://www.theatlantic.com/health/archive/2020/09/k-overlooked-variable-driving-pandemic/616548/
  

• transmission_heterogeneities_kinetics_and_controllability_of_sars.pdf
  Heterogeneidades de transmisión, cinética y controlabilidad del SARS-CoV-2
  https://www.science.org/doi/10.1126/science.abe2424